L’Istituto Comprensivo di Merone si è costituito nell'anno 2004/2005 con sede nel comune di Merone, in seguito al Dimensionamento Scolastico decretato dall’Ufficio Scolastico Regionale.
In precedenza le scuole erano unificate in un Circolo Didattico per quanto riguarda le Primarie e le Scuole dell’Infanzia, la Scuola Secondaria apparteneva a un istituto di sole scuole del medesimo ordine.